博尔塔拉温泉县温泉县地热资源丰富，最著名的温泉有3处，即博格达尔温泉、鄂托克赛尔温泉、阿尔夏提温泉，分别被誉为“圣泉”、“天泉”、“仙泉”。泉水温度均在42℃-65℃之间。泉水中含有碘、硫、磷等多种矿物质，水质润滑，经常淋浴对皮肤病、关节炎、气管炎、高血压以及胃病、眼病等有明显疗效。温泉县境内还有三亿五千万年繁衍史的珍稀动物新疆北鲵，是新疆维吾尔自治区一级保护动物，其栖息地已列为自治区级自然保护区。该物种在世界上仅分布于我国温泉县和哈萨克斯坦边境极度狭窄区域，种群数量处于濒危边缘，已被列入国际自然资源保护联盟红皮书。