台湾媒体报道，台北地方法院29日第三次开庭审理机要费案。为了陈水扁指称的六件外交资料，是否属于“国家机密”，引发检辩激烈攻防。合议庭最后作成二度发函“总统府”查明“国家机密”核定流程、及高检署查黑中心列为机密原因，并驳回检察官二度声请保全证据两项裁定。　

　　据报道，台北地院是在昨日上午九时卅分开庭审理本案，法庭内气氛紧张，庭讯中，由于“总统府秘书长”陈唐山函覆合议庭，表明无法提供陈水扁指称所谓六件“外交”资料核定“国家机密”文号，让检辩当庭为“国家机密”进行攻防。尽管双方的主张和前次大致一样，但这次的攻防，却显得火爆。 　

　　检方的论述，主要是认为，“总统府”不顾“院方”提供资料的回函，妨害诉讼进行，且藐视法庭。并以陈水扁伪造甲君领据为例，举“国家机密保护法”第五条，认为不能为隐瞒违法就核定为“国家机密”，何况本案六件“外交”资料，并没有依“国家机密保护法”规定，在30日内完成核定，且扁“向全民报告”之前，也已经给“立委”看过，所以不是机密。

　　辩方的主张，则是认为是否属于机密，该由有权核定者论定，不是法院、检方或辩方说了就算，且可能涉及接触机密资料，而有违法问题，要求合议庭将三大袋密封资料，送请陈水扁核定，以免触法。 　

　　对于检辩的主张，合议庭评议20分后，审判长当庭宣示包含两项函文的新裁定。 　　

　　一、“总统府”函覆内容，与合议庭了解“总统府”组织架构、处务规程、“总统府”档案管理不符，将再函询“总统府”核定“国家机密”的流程，及“国家机密”核定文件的保管单位及承办人为谁。 　　

　　二、另行函台湾高检署，查明该署当时将侦查卷附件编号十至十二，都列为机密卷宗的依据为何。 　　

　　在审判长宣示前述裁定后，检察官以十大理由，当庭第二次声请至“总统府”证据保全。合议庭因此二度退庭评议，最后认为，用前述发函方式，就可达到检察官声请目的，裁定驳回检方的声请。